El Presidente de la Junta Directiva es nombrado por el Presidente de la República.

Ocho Directores, cuatro propietarios y cuatro suplentes, son nombrados por el Órgano Ejecutivo en los ramos de Obras Públicas, Hacienda, Economía y Defensa Nacional.

Cuatro Directores, dos propietarios y dos suplentes, son nombrados por el Órgano Ejecutivo en el ramo de Obras Públicas, de dos ternas que para el efecto le son presentadas así: una por los agricultores e industriales organizados en asociaciones reconocidas legalmente; y la otra por los comerciantes organizados y reconocidos en la misma forma.Para tal fin, el Ministerio de Obras Públicas califica esas asociaciones por medio de un acuerdo.

La Junta Directiva ha nombrado como su secretario de actas al Gerente General de CEPA.

La Junta Directiva de CEPA, de acuerdo a su Ley Orgánica vigente, está integrada por un Presidente y doce Directores, nombrados en la forma siguiente:

El Presidente de CEPA es el Ing. Nelson Edgardo Vanegas Rodríguez

Los Directores Propietarios son: Lic. Nelson Napoleón García, Ing. Roberto de Jesús Solórzano, Licda. Merlin Alejandrina Barrera, General Jaime Leonardo Parada González y Sr. Francisco José Ricardo Cruz Moreno.

Los Directores Suplentes son: Arq. Eliud Ulises Ayala Zamora, Lic. Filadelfo L. Baires Paz, Dr. José Francisco Lazo Marín, Contraalmirante Juan Antonio Calderón González y Sr. Ricardo Antonio Ballesteros Andino.

Asesor de Junta Directiva es Licda. Karla Fratti de Vega.

Secretario de Actas es el Ing. Emérito de Jesús Velásquez Monterrosa.